Документально подтвержденная дата основания Богоявленской церкви – 1733 год, хотя сохранились предания, в которых упоминаются и более ранние годы создания церкви Богоявления Господня на реке Лопасня золотых дел мастерами. До нашего времени, однако, сохранились сведения о том, что первая деревянная церковь в селе Богоявленском, с деревянной колокольней и приделом в честь Иоанна Воина, была построена помещиком села Остафьевым.

На рубеже XVIII-XIX веков Остафьевы (Астафьевы) продали землю нескольким владельцам. Участок имения, на котором находилась Богоявленская церковь, приобрел вначале Алексей Петрович Чихачев, а затем Елизавета Александровна фон-Больценталь (1778 – 1854), жена полковника и кавалера, барона Эраста Федоровича фон-Больценталя (1780 – 1851).

В октябре 1844 года имение приобрела Клавдия Александровна Калайдович (1811 – 1895), жена действительного статского советника Ивана Федоровича Калайдовича (1796 – 1853) – автора учебника «Грамматика языка русского» (1834).

При ней вместо старой, деревянной, была построена кирпичная церковь с белокаменной отделкой, с одноглавой трапезной и двухъярусной колокольней. К церкви также пристроили второй придел, в 1847 году освященный в честь иконы «Всех скорбящих радость». Это здание церкви дошло до наших дней.

В книге Благовещенского «Краткие сведение о всех церквах Московской Епархии» (1874 г.) имеется следующая запись: «[село] Богоявленское, Подольского уезда. Церковь построена в 1846 г. Престолов три: Богоявления, «Всех скорбящих радость», мученика Иоанна воина; [приход] дворов 107, душ муж. – 290, жен. – 384, процентов 25 р. 28 к.»

В 1853 году Клавдия Александровна овдовела, и спустя некоторое время вышла замуж во второй раз за действительного статского советника Попова. Достоверно не известно, какими были жизненные обстоятельства, заставившие Клавдию Александровну Попову (Калайдович) после смерти второго мужа, в 1887 году, одолжить 5000 рублей у московского купца Ивана Ивановича Рыкова под залог своего имения; известно, однако, что в книге 1913 года «Населенные местности Московской губернии» хозяйкой имения значится уже Т.П. Давыдова.

В 1922 году церковь была закрыта, изъятые серебряные ценности общим весом 7 фунтов 82 золотника (около 3,2 кг) переданы в фонд помощи голодающим.

Во время «Большого террора», 27 ноября 1937 года, по обвинению в активной контрреволюционной деятельности был арестован и приговорен к расстрелу бывший священник села, Цветков Михаил Павлович (реабилитирован посмертно в 1989 году).

В 1930-е годы купола и венчания церкви были разрушены, здание стало использоваться под различные народнохозяйственные нужды. Было сделано несколько кирпичных пристроек, изменивших изначальный облик церкви. По воспоминаниям жителей, в здании церкви располагалась машинотракторная станция.

В конце 1990-х годов в здании и на прилегающей территории случился пожар. Здание сильно пострадало. В таком виде храм был возвращен церкви, и началось его восстановление.

Все пристройки XX века были снесены, а здание реставрировано и обложено красным кирпичом. Сегодня храм Богоявления Господня в с. Богоявление снаружи непохож на старую церковь, но структура интерьера середины XIX-го века сохранена полностью.

Регулярные богослужения возобновились в 2010 году. С 2015 года настоятелем храма является протоиерей Андрей (Сапунов).